锦州医科大学药学院前身为锦州医学院（现为锦州医科大学）药学系，始创于1994年，2002年3月更名为药学院。
2002年获批生药学硕士学位授予权，同年开始招收生药学硕士研究生。2005年获批成为药学一级学科硕士授予权单位。2010年药学专业硕士学位通过国务院学位委员会审批，2011年招收药学专业学位硕士研究生，具有药学硕士科学学位和专业学位授予权。
1998年起，招收临床药学方向五年制本科生。2002年至2003年相继增加了药学专业四年制本科生和医药经贸专业四年制本科生的招生。2021年获批国控临床药学五年制专业，并于当年开始招生。现开设本科药学（四年制）、本科临床药学（五年制）两个专业，具有药学专业和临床药学专业学士学位授予权。
学院下设9个教研室，拥有辽宁省药物作用与质量评价工程技术中心、辽宁省海洋生物活性物质重点实验室和辽宁省药学虚拟仿真实验教学中心、辽宁省高等院校实验教学示范中心。学院现有专任教师68人，其中教授11名，副教授37名，讲师14名，助教6名，博士学位占教师总人数50.7%。硕士研究生导师44名，承担药物分析学、药剂学、药物化学、生药学、微生物与生化药学、药用生物材料学等学科硕士研究生的培养任务。
学院下设两个实验教学中心。药学实验教学中心总面积1700㎡，中心重视实验教学改革，增加综合性、设计性、创新性实验比例，创建开放性教学模式，培养学生实践能力及创新意识，全面提升实验教学质量。
化学实验教学中心总面积2000㎡, 共有教学实验室12个、仪器操作室5个，承担多个层次多个门类的实验教学任务。中心在课程设置方面着重从培养学生创新能力入手，以提高学生实践能力和创新意识为前提，增加综合性、设计性实验比例，创建全新实验教学模式，提高实验教学效果。
多年来药学院一直坚持培养高素质药学人才的指导方针，坚持“以药为主、医药结合”的办学方向，高度重视“教风”和“学风”建设，坚持“以学生发展为中心”的办学理念，强化学生综合实践训练能力和创新能力培养，建立了以教师听课、学生评教为核心内容的常态教学管理和教学质量监控，广大教师爱岗敬业，潜心钻研教学，不断提升学术与教学水平。学院拥有包括科研院所、药品检验检测中心、药品生产企业、医院药学部、药品监管部门十余家实训实习基地，培养药品研发、生产、管理、服务、监测等方面的应用型药学专业人才。学生能够系统掌握药学及其相关学科的基础理论和基本技能。从锦州医科大学药学院走出的毕业生受到用人单位的一致好评。
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